Logo sekolah terdiri daripada 4 warna; merah, hijau, biru, dan kuning iaitu warna-warna bendera Malaysia. Ini menunjukkan bahawa SEKOLAH KEBANGSAAN PANTAI KUNDOR terletak dalam Malaysia.

Obor bermaksud cahaya kejayaan. Ia merupakan panduan bagi pelajar-pelajar menghadapi pelbagai cabaran di dalam persekolahan dan cuba mengharungi rintangan untuk mencapai kejayaan.

Dua tangkai padi menunjuk-kan hasil uasaha positif semua pihak meningkatkan prestasi sekolah.

Motto sekolah "Usaha Jaya Sedaya Upaya" memberi ransangan kepada semua supaya berusaha dengan gigih tanpa putus asa dalam apa jua perkara yang ingin dilaksanakan.